El problema ecológico del Mar Menor viene motivado por múltiples factores, todos ellos relacionados con la actividad humana desarrollada en él y a su alrededor en los últimos años. Esto ha generado diversas alteraciones muy negativas en el estado de su ecosistema. Alteraciones en el tipo de especies propias de la laguna y la irrupción de especies invasoras no originarias del Mediterráneo.